Sorse nel 1755, alla morte del conte Carlo Pertusati, presidente del Senato di Milano. L’erede Luca Pertusati stabilì di cedere la raccolta libraria appartenuta al defunto e consistente in più di 24.000 volumi, che per lo più rientravano in una sfera di interessi storico-eruditi e letterari, acquistata dalla Congregazione di Stato, per farne omaggio all’arciduca Ferdinando, terzo figlio dell’imperatrice Maria Teresa e di Francesco I e futuro governatore della Lombardia. Nel 1770 Maria Teresa, considerando la mancanza in Milano “di una Biblioteca aperta ad uso comune di chi desidera di maggiormente coltivare il proprio ingegno, e acquistare nuove cognizioni”, decise di destinare all’uso pubblico la Biblioteca del Pertusati, opportunamente accresciuta, dopo che si fosse reperita una sede idonea, vicina al centro della città. Tale sede si rese disponibile solamente nel 1773, dopo lo scioglimento della Compagnia di Gesù che permise allo Stato di acquisire il palazzo del Collegio gesuitico di Brera, costruito sull’area del duecentesco convento degli Umiliati.
Il termine latino medievale “Braida”, poi evolutosi nella forma “Brera”, denominò la Biblioteca che assunse dunque l’attuale nome di Braidense.
L’effettiva apertura al pubblico avvenne solo nel 1786. La soppressione della Compagnia di Gesù mise a disposizione dello Stato anche i fondi librari del Collegio Braidense e delle case gesuitiche di San Fedele e San Girolamo che, assieme al fondo Pertusati, costituirono il nucleo fondamentale della Biblioteca.
Nel 1778 venne poi acquistata la raccolta del medico Albrecht von Haller di Berna, ricca di pregevoli testi scientifici. A questa si aggiunsero le raccolte del conte di Firmian, del cardinale Angelo Maria Durini e del colonnello Baschiera. Successivamente furono incamerati fondi di antiche librerie claustrali. Alla Braidense vennero inoltre destinati i duplicati della Biblioteca Imperiale di Vienna. Di età napoleonica si devono ricordare le acquisizioni dell’importante Biblioteca del Collegio dei Giureconsulti e quella della famiglia Scaccerni di Ferrara, ricca di classici greci e latini. Ad incrementare in maniera continuativa le raccolte si provvide però sin dalle origini disponendo il deposito obbligatorio, nella Biblioteca di Brera, delle opere pubblicate nello Stato di Milano.
Alla Braidense fu conferita nel 1802 la qualifica di “nazionale”. Nel corso del XIX secolo altri fondi arricchirono ulteriormente il patrimonio della Braidense (volumi donati da Ermes Visconti, raccolta del R. Gabinetto Numismatico, collezione bodoniana Mortara, raccolta Lattes di opere di cultura ebraica, parte dei manoscritti e degli stampati raccolti da Carlo Morbio, la miscellanea Vieusseux e la libreria di Cesare Correnti).
Nel 1891 veniva acquistata la raccolta drammatica Corniani Algarotti e nel 1895 si aggiunse il lascito De Capitani D’Arzago. Il fondo speciale manzoniano venne donato da Pietro Brambilla nel 1885 e viene continuamente incrementato (manoscritti, cimeli manzoniani, epistolario, vari libri postillati dal Manzoni, quasi tutte le edizioni delle opere manzoniane e studi di critica manzoniana).
Tra le raccolte pervenute nel Novecento bisogna ricordare la Libreria Novati, la Biblioteca liturgica dei duchi di Parma, la raccolta scacchistica, il fondo Castiglioni e il fondo fotografico Sommariva.
