Il museo è ospitato nel complesso monumentale dell’ex convento delle Clarisse (fine XVI secolo). Il laboratorio è nato per comunicare i risultati dell' indagine archeologica svolta nel centro della città tra il 1998 e il 2003. Il progetto di allestimento si articola su due fasi: la prima, prevede una serie di sale, ordinate cronologicamente, dedicate ai vari periodi della storia della città (dal tardo rinascimento all' alto medioevo).  La seconda è  metodologica. Il visitatore viene a conoscenza degli eventi attraverso metodi di indagine archeologici che si basano su tre canali di informazione: il lavoro fatto dall' archeologo sullo scavo, la testimonianza di ciò che è stato trovato, e l'attivtà di sintesi svolta dall' archeologo che interpretando i dati, propone una ricostruzione storica.L'allestimento inoltre sfrutta ampiamente tecnologie informatiche. Nella sale sono presenti ricostruzioni grafiche di scene di vita quotidiana che documentano la struttura sociale, l'economia e gli scambi, la cultura materiale della città di Grosseto.