La storia della presenza greca a Trieste ebbe inizio coi decreti asburgici che assegnavano alla città adriatica il ruolo di principale porto dell'impero. Nel 1751 Maria Teresa concesse ai greci ortodossi (Greci e Illirici) di erigere una chiesa (S. Spiridione, nei pressi del Canale di Ponte Rosso). L'incompatibilità tra le due componenti ortodosse determinò la creazione della Comunità Greco Orientale che nel 1784 pose la prima pietra del tempio dedicato alla S.S.Trinità ed a San Nicolò sulle rive. Nel 1820 la Comunità completò l'edificio con la facciata neoclassica progettata dall'architetto Matteo Pertsch.
Presenti in molte delle iniziative commerciali, finanziarie e industriali, i greci di Trieste nel XIX secolo raggiunsero l'apice della loro fortuna, contribuendo in maniera determinante all'affermazione della città come uno dei porti principali del Mediterraneo. I rappresentanti di questa ricca borghesia hanno lasciato testimonianza del loro splendore nei palazzi presenti nella città, e attraverso lasciti e donazioni hanno istituito opere di beneficenza che arricchito la Comunità di opere d'arte.
I lasciti e le donazioni dei rappresentanti della borghesia greca nel XVIII e XIX permise alla Comunità di arricchirsi di significative opere d'arte. Nel novecento gli sconvolgimenti politici e geografici conseguenti ai due conflitti mondiali ridimensionarono l'importanza della presenza greca a Trieste.
Con l'intitolazione di questo museo a Costantino e Mafalda Pisani, si è voluto ricordare il loro impegno nella conservazione del patrimonio storico – artistico della Comunità, nel difficile periodo del secondo dopoguerra.
Oggi il Museo della Comunità si presenta suddiviso in due sezioni, una dedicata alle opere d'arte “occidentale” ed ai cimeli e documenti legati alla sua storia, l'altra alle opere della tradizione iconografica ortodossa. Significativa è la serie di ritratti degli eminenti personaggi che lasciarono un segno non solo nella storia della Comunità. Si conservano nel museo anche pregevoli pitture di genere che decoravano, nel passato le stanze di rappresentanza e riunione della Comunità. Degni di nota sono il disegno di Matteo Pertsch per la realizzazione della nuova facciata della chiesa di San Nicolò, i documenti relativi all’ attività scolastica e filantropica. La sala dedicata alle opere d'arte della tradizione iconografica bizantina comprende un grande numero di “icone” provenienti da tutta l’area ortodossa, principalmente dal XVII al XIX secolo. Domina la sala l'Epitaffio, un arredo liturgico utilizzato nei riti della settimana santa realizzato a Trieste negli anni venti dell'800, mentre nelle vetrine si conservano antichi oggetti in argento impiegati nella liturgia ortodossa.
