Il MANM è una sintesi della conoscenza storico-archeologica del territorio marchigiano, dalla più antica Preistoria fino alla romanizzazione, documentata attraverso reperti provenienti esclusivamente da scavi. Per quanto concerne la Civiltà picena, in particolare, il museo conserva la più ricca e prestigiosa raccolta esistente. Il percorso espositivo, che nella veste definitiva sarà articolato in quattro sezioni, (preistorica, picena, romana e medievale) oltre al Medagliere, inizia al secondo piano dove, in ordine cronologico, sono esposti i complessi marchigiani dal Paleolitico all'Età del Bronzo (Paleolitico, Neolitico, Eneolitico, Età del Bronzo). Dal terzo al primo piano si articola il percorso dedicato alla civiltà picena, dalle fasi iniziali fino al periodo dei Galli Senoni che, con le prestigiose tombe di Moscosi di Fabriano e Montefortino di Arcevia, chiudono l'itinerario espositivo dedicato a questo periodo. Allestita di recente la sezione dedicata alle necropoli ellenistiche di Ancona con monili in oro, servizi in argento, decorazioni in osso ispirate ad analoghi modelli in avorio destinate ad ornare letti funerari, coppe in vetro a mosaico e bande d’oro e straordinari monumenti funerari.