I materiali raccolti per Ferrara in occasione dell'Esposizione generale italiana di Torino del 1884, esposti nel Padiglione del Risorgimento, e per la Mostra di Bologna del 1888 "Il tempo del Risorgimento" costituiscono il primo nucleo del museo. Dapprima conservati presso la Pinacoteca civica, furono poi trasferiti nell'Ateneo ferrarese presso Palazzo dei Diamanti. Il museo venne inaugurato, in quella sede, nel 1903 in occasione delle celebrazioni per il 50° anniversario della morte dei patrioti ferraresi Domenico Malagutti, Giacomo Succi e Luigi Parmeggiani, fucilati dagli Austriaci durante la restaurazione austro-papalina del 1853. I materiali originari sono andati in parte perduti a causa dei danni subiti dall'edificio durante il secondo conflitto mondiale. Nel 1958 si è inaugurato il nuovo museo con la sezione risorgimentale alla quale, un anno più tardi, veniva aggiunta una sezione riservata al tema della Resistenza.Il percorso dedica tre sale alla storia risorgimentale ferrarese con stampe politiche e satiriche, fotografie, cimeli, armi, bandiere, divise, medaglie e documenti dall'arrivo dei Francesi in città (1796) alla prima guerra mondiale. In un altro spazio è invece esposta un'ampia raccolta di materiali relativi al periodo compreso tra il 1919 ed il 1945, in particolare sull'attività antifascista e la guerra di liberazione nel Ferrarese; vi si trovano carteggi, cimeli e un archivio storico-didattico che riunisce fotografie, manifesti, stampe locali e nazionali.